前總統陳水扁涉入弊案後，民進黨內部不少人忙著切割，但是和陳前總統關係深厚的邱義仁，卻是在這段期間，2度到扁辦探視；邱義仁在民進黨執政期間，歷任過三大秘書長職務，負責大小選戰操盤，更在319槍擊案發生第一時間，證實陳水扁遭到槍擊；面對自己昔日的愛將被收押，陳前總統選擇力挺，相信邱義仁清白。
這是邱義仁被收押後，陳前總統首度面對媒體。記者：「總統，會不會替邱義仁抱不平？」前總統陳水扁：「好！謝謝。」記者：「國務費是不是24日偵結？」
第一時間，陳前總統沒有正面回應，但他跟邱義仁之間的好交情，沒有因為弊案爆發，而受到影響。記者(97.9.2)：「秘書長是不是來找陳總統談事情？你來找阿扁嗎？」
在陳前總統承認海外有密帳後，綠營內部忙著切割，不過邱義仁還是到辦公室，探視陳前總統；10月中再到扁辦，邱義仁跟媒體玩起躲貓貓，一下躲到銀行裡，一下走到郵桶邊，順便寄封平信，就是不回答任何問題。
正因為邱義仁是出了名的口風緊，所以深獲陳前總統信賴，他歷任行政院、總統府和國安會這3個單位的秘書長職務，重要時刻，更要幫陳前總統代言。記者(94.3.19)：「子彈、彈殼有找到嗎？」時任總統府秘書長邱義仁(94.3.19)：「在總統身上。」
這「秘書長的微笑」，成為三一九槍擊案的話題；一向思慮縝密的邱義仁，在扁執政時期，負責大小選戰操盤，為了勝選，他甚至說要將對手割喉割到斷。時任總統府秘書長邱義仁(94.12.4)：「我這個是廢物，你找我幹什麼。」
戲稱自己是廢物，但邱義仁可是在扁當政的8年間，歷任7個重要職位的決策核心，過去邱義仁「喊水會結凍」，如今卻成了扁案被收押的第九人。
