1025大遊行的訴求之一，就是指控馬政府掏空台灣主權，高雄縣長楊秋興為此拿出一張農委會在日本刊登的廣告，上頭有4個附屬單位，都掛名「台灣區」，他質疑是自我矮化；事後，農委會發新聞稿回批，強調以「台灣區」為名的公會相當多，由來已久，這樣的指控，是「意識形態」傷害台灣農業。
怎樣叫掏空台灣主權？高雄縣長楊秋興手上抓著一張紙，說這就是證據。高雄縣長楊秋興：「這個廣告，是我們行政院農委會花錢刊登的廣告，但是他其他附屬的單位，竟然寫『台灣區』鰻魚發展基金會，以高雄縣長身分，如果馬英九繼續掏空台灣主權，我不承認他是台灣的總統，你說對不對！」
台下民眾響起一陣共鳴，仔細看這張紙，原來是登在日本朝日週刊的廣告，用日文宣傳台灣鰻魚的好，照片上的鰻魚看起來令人垂涎欲滴；問題出在底下這一排單位名稱，除了「台灣區」鰻魚發展基金會，這3個相關合作社和公會，也全都掛名「台灣區」。
農委會國際處科長陳瑞榮：「我們聽到這訊息實在是很訝異啦！因為以『台灣區』來命名的產業公協會，事實上非常的多啦，為什麼會搞成是一個政治事件？」
掛名台灣區的很多，怎搞成政治事件？為此，農委會發出新聞稿痛批是「意識型態傷害台灣農業」，強調「台灣區」的名稱沿襲已久；過去8年，也沒要他們改名。
事實上，農委會和這幾個單位不少人，目前都還在日本宣傳，就是要替台灣鰻魚正名，跨海聽到這樣的消息，不免感到熱情，被冷水澆熄。
【農委會新聞稿全文】
◎拚經濟推動農產品外銷，不應以意識型態傷害臺灣農業
農委會為協助台灣生產之鰻魚開拓日本市場，補助漁業團體「臺灣區鰻蝦生產合作社聯合社」、「臺灣區鰻魚發展基金會」及「臺灣區鰻蝦輸出業同業公會」於日本辦理「臺灣鰻魚日本促銷計畫」，為臺灣鰻魚正名，辦理相關宣傳及促銷活動，積極為臺灣經濟打拚，該活動與政治無關。1025大遊行中，某些政治人物以該等民間團體之名稱以「臺灣區」開頭，即批評政府矮化國家，已令該等為臺灣農業打拚之產業團體傷心氣餒，認為意識型態傷害農業發展。
農委會表示，臺灣鰻魚出口集中於日本，佔90%以上，日前日本朝日新聞報導臺灣產鰻魚被包裝成日本鰻魚，造成日本消費者不安，鰻魚出口受阻。我國鰻魚相關產業公協會及業者認為此時有必要為臺灣鰻魚正名，並宣傳臺灣產鰻魚之優質安全，不輸日本鰻魚。農委會為協助臺灣鰻魚業者開拓日本市場，補助「臺灣區鰻蝦生產合作社聯合社」、「臺灣區鰻魚發展基金會」及「臺灣區鰻蝦輸出業同業公會」於日本辦理「臺灣鰻魚日本促銷計畫」，辦理各項宣傳促銷活動，其各項宣傳廣告均以臺灣產鰻魚為標題，並以該團體名稱「臺灣區鰻蝦生產合作社聯合社」等單位落款。
政治人物未查明實際狀況，以該等民間團體之名稱以「臺灣區」開頭，即批評政府矮化國家，此種輕率的態度實令人遺憾。臺灣有許多產業公會早年即以「臺灣區…」命名，如「臺灣區機械同業公會」、「臺灣區橡膠同業公會」、「臺灣區製藥工業同業公會」及「臺灣區自行車輸出業同業公會」等，過去8 年間，政府亦對該等產業團體補助，從未要求他們改名，該等團體之名稱與政治及意識型態無涉，政治人物之批評令人不解。此次之不當批評，令「臺灣區鰻蝦生產合作社聯合社」等為臺灣農業打拚之產業團體傷心氣餒，認為意識型態已傷害臺灣農業發展。
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