大陸海協會副會長張銘清遭攻擊事件，警政署罕見地快速做出懲處，將台南市警察局長調職處分，而且是降調到國道公路警察局，在過去警界人事異動中算是罕見，對此陳前總統公開質疑，為何上回他出庭被踹，市警局沒下台？質疑警政署的懲處有雙重標準。
同樣的都是被民眾毆打，屁股還被踹了一腳，陳水扁覺得警政署的懲處，根本是雙重標準。前總統陳水扁：「一位卸任的總統，比大陸海峽會副會長還不如，你們有聽到北市警察局局長，有因為踹人事件受處分？」
陳前總統覺得不公平，就連立法委員也認為局長被調職，是不是有受到大陸方面的壓力。行政院院長劉兆玄：「因為他勤務的調度，勤務的規劃上面犯了比較大的錯誤，造成後來這個情形。」
這回遭到調職的台南市警察局長陳富祥，今年6月才調升到台南市，短短5個月，卻因為張銘清遭攻擊事件，降調國道警察局副局長，而和他命運相似的是2004年319槍擊案，當時的台南市警察局長何春乾，案發後4個月，降調到國道警察局擔任副局長，而上個月底，台北縣員警執行臨檢勤務，開槍擊斃一名騎士，出了人命，縣警局長林國棟遭記過一次。
而3年半前，國民黨榮譽主席連戰到大陸訪問，泛綠民眾到機場抗議，差點爆發肢體衝突，到任才8個月的航警局局長陳瑞添，則是立刻降調處分，有人降職、有人記過，但陳水扁被踹，市警局卻沒事，警政署強調懲處有一定考量和標準，但是否符合公平、比例原則，是否因政治時空背景不同，而有所改變，外界都在看。
