針對大陸海協會副會長張銘清在台南，遭抗議群眾攻擊，海基會除了立即派綜合處人員南下探視外，海基會也召開記者會，包括董事長江丙坤和秘書長高孔廉齊聲譴責暴力。
海基會秘書長高孔廉：「張銘清先生在台南遭受暴力攻擊，之後我個人也親自跟張院長通上電話，我們也派同仁南下去慰問他，必要的時候，我們會協助他就醫。不過我跟他通電話的時候，他說他感覺還好，當時他感覺並沒有需要就醫，可是他覺得身上是有點痛，我們同仁現在在南下路上，會隨時跟我保持聯繫。
我們很遺憾發生這樣的事，張院長他是依照正常程序，申請來台進行學術的訪問，整個過程是一個合法的學術活動，那麼他遭受到這樣的暴力，我們覺得應該要譴責這樣的暴力，以及非理性的行為。」
而對於張銘清遭追打一事，陳雲林已經獲得訊息，但表示這起事件不影響兩會發展。
海基會董事長江丙坤：「陳會長有表達三點意見，對於各界對於這個案件的重視，而且積極地採取措施，表示感謝與理解；第二點他也提到，張副會長這次來並不是為了兩會的事務，但是他也擔心會有一些負面的影響；第三點他也強調，儘管這個事情發生，是不幸的事情，但是兩會以及對兩岸和平發展的方向，不受影響，兩會的協商以及今後我們共同謀求兩岸和平的方面，不會受到影響。」
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