張銘清大陸海協會副會長的身分，到綠營支持者眾多的台南市，任誰都知道該注意安全；警方也派出了12名制服員警和3名便衣隨行，但離開天后宮後，警方透露張銘清臨時增加行程到孔廟，來不及派人周全保護，衝突發生時，只有一名便衣員警在場，以致場面失控。
張銘清大陸海協會副會長敏感的身分，又是到綠營支持者眾多的台南，任誰都知道該提高警覺，警方到底怎麼部署的，據警方表示，指派了12名員警隨行，還有3名便衣刑警貼身保護安全，在億載金城，很明顯的就看到2名便衣，途中還有小蜜蜂黑頭車一路跟隨，到了安平古堡，同樣是有便衣隨伺在旁，民眾闖入嗆聲，便衣立刻將張銘清帶離現場。
有了這個狀況，張銘清下一站到鹿耳門天后宮，員警人數並沒有特別增加，但走訪孔廟，張銘清身邊卻只剩一名司機兼導遊和一名便衣，擋不住蜂擁而上的抗議群眾。
TVBS記者蘇詩雅：「海協會副會長張銘清，被抗議的群眾一路被推擠到門口，匆忙鑽進車內，孔廟門前發生這麼嚴重肢體衝突，但台南市警局不過就在50公尺之遙。」
事發現場和台南市警局僅相隔一個紅燈，張銘清身邊的警力卻少了許多，警方坦承是因為張銘清臨時增加孔廟這一站，應變不及，這麼一個疏漏，又是對岸的海協會高層，連警政署也出來說話。警政署副署長伊永仁：「這個事情我們警方也有疏失，只是說認為事件可能有問題的時候，他們可能沒有通報勤務中心，做警力後續的支援。」
警政署說接下來要24小時滴水不漏地派人保護張銘清，只是人都被打傷了，警方也只能亡羊補牢。
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