台北市長柯文哲擔心，陳時中若真參選台北市長，那衛福部長的職缺將由誰來接下?外傳民進黨立委邱泰源，衛福部政務次長薛瑞元以及疾管屬副署長莊人祥和羅一鈞，都在候選名單內，一位不具名的重量級醫界大老更指出邱泰源就是最佳人選，薛瑞元則是第二順位。也傳出陳時中已經選定吳思瑤擔任參選總幹事，為選戰之路做足準備。
陳時中若真的參選，衛福長職缺誰來扛，外界猜測民進黨立委，兼醫師公會全聯會理事長，邱泰源可能空降，衛福部政務次長薛瑞元，也有機會升職，而疾管署副署長，莊人祥和羅一鈞，聲量也很高。
台北市長柯文哲：「宣布陳時中選之前，請先宣布誰要來處理疫情指揮官，然後到底有哪些要移交的，跟地方政府的配合，這我比較關心。」
繼任人選適不適任，誰才能挑起疫情重責，一位不具名醫界大老點出，邱泰源經歷完備，且醫界關係良好，人格特質適合擔任衛福部長，至於薛瑞元離開醫界久，只是第二人選，莊人祥、羅一鈞，則不太可能跳3級晉升，且邱泰源並非衛福部官員，專家認為，從外界找來新部長，機率比較大。
藥師公會全聯會理事長黃金舜：「邱泰源醫師，平常跟我互動也相當密切，如果他擔任部長的話，我想我跟我跟他的溝通，應該也沒有什麼問題，要馬上進入(疫情)狀況的話，熟悉度應該，薛瑞元莊人祥兩位都適合。」
新部長人選難以預料，但傳出陳時中參選總幹事人選，已經定案，根據平面媒體指出，吳思瑤與陳時中，交情深厚，熟悉北市生態，若找吳思瑤擔任總幹事，可說是如虎添翼。
衛福部長陳時中：「(部長想問一下)，(是不是找吳思瑤當您的競選總幹事)。」
是不是吳思瑤擔任總幹事，陳時中低調不回應，但各種跡象已顯示，陳時中已為市長選戰，做足準備。
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