馬總統曾經說，「終極統一」是長程目標，現在是不是要往這個目標邁進呢？有媒體報導，目前終止運作的國統會，馬總統正在研擬恢復運作；不過可能是統一字眼太敏感，消息一傳出，總統府馬上鄭重否認；民進黨也表示，國民黨如果一意孤行，民進黨不會袖手旁觀。
前總統陳水扁宣布終止的國統會，如今傳出，總統府高層已經研擬，準備在馬總統任內恢復運作。
總統府發言人王郁琦：「馬總統的理念是不統、不獨、不武，這個從來沒有任何的改變，我們沒有任何的計畫，要重開國統會。」
第一時間府方發言人表示，對此傳言毫無所悉，接著馬上主動要求再次發言，鄭重澄清，畢竟時機實在太敏感；國統會全名「國家統一委員會」，1990年由前總統李登輝宣布成立，民進黨執政時從未召開國統會，陳總統更在2006年宣布國統會「終止運作」。
據了解總統府跟國安會討論，認為包機直航及陸客來台後，兩岸互動更密切，宣布恢復運作國統會，比較不容易被扭曲為賣台；不過，民進黨主席蔡英文指出，統一並不是全台灣人民都能接受的方向，馬政府如果要恢復國統會，民進黨不會袖手旁觀。
民進黨主席蔡英文：「沒有在這個共識，或者是說貿然來做的話，我相信很多本土的選民，一定會有意見，我們的民進黨，也會有些對應的作為。」
馬英九在選前再三強調「不統、不獨、不武」，國統會如果恢復運作，有往「終極統一」邁進的意味，勢必再度激發「統獨對立」意識。
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