4月5日馬英九將到兩蔣靈寢謁靈，不過馬英九在接受媒體訪時表示，他在就任後，雖然年年都會謁靈，但是，他認為兩蔣功過可以來討論；至於以扁政府繼續推動以台灣名義加入世界衛生組織，馬英九批陳總統馬上就要卸任，為何還要強行推動這件必定失敗的事情，馬英九也認為現在沒有比中華台北更適合的名稱來加入WHO。
總統當選人馬英九接受中央社訪問時，對於4月5日要到兩蔣陵寢謁靈，馬英九表示，就職後每年都會去，不過，他也特別說明，蔣介石和蔣經國的功過可以討論，有這樣的心態就不會變成崇拜，只是對國民黨領導人的懷念。
而對於台灣要用什麼名稱加入世界衛生組織？馬英九說，據了解，外交部接到指令，在5月世界衛生大會，用台灣名義申請會員，馬英九提出質疑，這是可預期的失敗，陳水扁總統剩幾天就要卸任了，為什麼還要強推？馬英九主張，目前沒有比中華台北更好的名稱來加入WHO。
在大陸政策方面，馬英九強調，開放陸資來台投資房地產，會提出防止炒作條款，像是5年內規定不能轉手，避免哄抬價錢；而桃園和小港機場，是兩岸週末包機最優先的航點，松山機場要等通關移民檢疫安全設備建置完成後再飛。
至於，對於前國家安全會議秘書長丁渝洲公開直言，馬英九不該在兩岸問題上說太多，馬英九則強調，他對兩岸議題的態度是相當審慎的。
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