就在馬謝抽號次的同一時刻，中選會忙著的是透過外交部清查，馬謝2人有沒有雙重國籍。根據總統副總統選罷法規定，候選人不得有外國籍，一旦查出就可以撤銷登記，就算當選也可以提當選無效，馬英九說樂觀其成，謝長廷說還要了解，只是中選會的動作正好呼應到之前謝陣營打綠卡主軸，動作相當敏感。
就在總統大選抽號次的時刻，中選會拋出新議題，要查候選人有沒有雙重國籍。中選會發言人鄧天祐：「登記的時候，候選人切結沒外國籍，這部分陸續取得，我們和外館外交部聯繫。」
中選會憑的是這條，總統副總統選罷法27條，具有外國國籍者不能登記為總統、副總統候選人；不過要查可沒那麼容易，尤其美國隱私法保障關卡多，中選會得先發函給外交部，外交部再發函給AIT，前提是還要取得馬謝兩人的授權書。鄧天祐：「要取得授權書，向相關國家查證，綠卡和選罷法規定沒關係。」
國民黨總統候選人馬英九：「我們樂觀其成。」民進黨總統候選人謝長廷：「我求證以後再作回應。」
如此大費周章，但這檢查國籍的流程，卻不是每任總統候選人都得面對的「慣例」。長昌總部總幹事葉菊蘭：「國籍問題，是不是在他國永久居留，要和人民做清楚交代，這是對人民負責大是大非問題。」
查國籍的做法，剛好呼應到民進黨的打馬主軸，中選會連忙澄清，是因為這次有人質疑，他們才會特別調查，只不過在號次抽籤日拋出這樣的議題，果然效果十足，搶到不少版面。
