藻礁公投在國民黨加入聲援後，話題越吵越熱，不過這也讓先前力挺的台灣基督教長老教會，緊急發聲明表示因為國民黨的政治介入，所以現在暫停與環團合作的公投連署，主辦牧師還因此自請處分。
中研院研究員話說得激動力挺藻礁，而這段畫面三天前被轉PO在「基督教長老教會」的臉書上挺連署態度明確，但短短不到幾天時間就突然急轉彎。
臉書上發文說因為國民黨介入政治操作，日前與環團共同推動的藻礁連署將暫停，主辦者林偉聯牧師還因此自請處分。
藻礁公投領銜人潘忠政：「我們覺得有點奇怪啦，我們確實是有拜訪林牧師，林牧師他其實也表示，長老教會一向很注重關心環境，說我們和國民黨有一個合作關係，大概是這樣的訊息，讓總會那邊覺得不太恰當。」
少了長老教會支持領銜人意外又無奈，但現在藻礁連署狀況反而暴衝，被認為是因為國民黨也挺，因此在連署截止日前夕，網路上大批的攻擊哽圖全傾巢而出。
粉專哽圖直接諷刺公同領銜人潘忠政是國民黨的人，也貼出踩踏藻礁圖片，痛批環團自己都對藻礁不友善，更批國民黨介入公投連署動機不單純，目的是想藉此重啟核四，而環團也不斷自清說他們沒要擁核，只是單純重視環境生態。
立委(國)洪孟楷：「現在執政黨所謂的泛政治化操作，我們才要請民進黨不要在雙重標準了，為什麼別人做都是政治化，你做就是直接民意。」
立委(國)鄭正鈐：「大潭藻礁的保育表達意見，我覺得沒有什麼不可以，不知道為什麼執政黨怕成這樣子。」
藻礁公投連署和「政治」扯上邊，越接近成案門檻，環團被批評聲浪也跟著暴漲。
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