在莫拉克颱風一片檢討聲浪中，經濟部長尹啟銘下台，根據了解，他也向馬總統婉拒了政務委員的官職，不願留在吳內閣，什麼官職都不接受，堅持裸退；其實尹啟銘告別經濟部並不是第一次，2005年馬莎颱風造成桃園大缺水，當時擔任常務次長的他被調職，他還曾經說過「政治很可怕」，而這次則是為莫拉克颱風負責，尹部長似乎和「水」非常過不去。
新內閣交接，要交棒的經濟部長尹啟銘，偏偏躲在柱子後面，和其他要留任或是走人的閣員寒暄，同樣是大合照，和一年多前比起來，心情大不同，現在的尹啟銘堅持不留在吳內閣，早早就把部長室的東西清空。
記者：「部長部長，可不可以跟我們說一下？」經濟部長尹啟銘：「不好意思啦。」記者：「部長會不會覺得很捨不得？」尹啟銘：「小心小心喔，謝謝、謝謝，小心不要摔倒。」
根據了解，尹啟銘拒絕政務委員的官職，堅持裸退；巧合的是，今年5月他去中油視察時，曾經預言中油董事長施顏祥會再回到經濟部，沒想到這麼快就實現，而且還是接任經濟部長。
其實尹啟銘曾經兩度告別經濟部，都是為了水，2005年，尹啟銘擔任經濟部常務次長時，馬莎颱風造成桃園大缺水，尹啟銘被調職；而莫拉克颱風，則是讓他在一片檢討聲中下台。
第一次離開經濟部時，尹啟銘還曾經說過「政治很可怕」。尹啟銘(2005.09)：「其他都是空的，政治的東西很可怕，也很險惡。」
雖然說為水下台，但尹啟銘的幕僚私下表示，其實在積極推動兩岸簽署ECFA的過程中，也讓尹啟銘相當氣餒，曾經說過是非、公道自在人心，其他都是空的，尹啟銘已經打包好心情，要離開經濟部。
