八八水患災情慘重，國民黨立委邱毅度爆料，控訴行政院長劉兆玄當天晚上，跑回新竹老家過父親節，沒有守在第一線。這樣的指控，行政院認為並不公平，強調當天晚上，劉兆玄一樣掌握災情，沒有延誤救災。只是在昨天劉兆玄召開記者會前，他足足消失了36個鐘頭，外傳劉兆玄是對林火旺爆料他去染髮感到訝異，一度打算請辭，不過行政院強調，院長有很多重建會議要開，真的很忙。
記者：「院長，有口頭請辭嗎？」行政院長劉兆玄：「…。」
聽見問題，頭也不回就進到辦公室，主持災後第二次的行政院會，內閣官員陸續抵達，請辭的國防部長陳肇敏和行政院秘書長薛香川也都來了，只是國民黨自家立委，卻在這時爆料，控訴劉兆玄也沒守在崗位上。
國民黨立委邱毅：「劉院長明明已經知道，南台灣的災情已經很嚴重，為什麼他還可以安心的回到新竹去過父親節呢？」
新聞局長蘇俊賓：「當天晚上(劉)是熱線不斷，相關部會包含廖部長，包含應變中心等等，相關資訊，院長是不斷的在運籌帷幄。」
行政院認為這樣的指控並不公平，也強調劉兆玄其實很努力；只是劉兆玄在前一天召開記者會之前，足足消失在第一線，長達36小時之久；星期一他和馬總統共同召開國安會議，還交換了意見。
當天晚上，國策顧問林火旺就在節目中爆料，指控劉兆玄跑去染髮，一度讓劉兆玄認為，這是來自總統府和國安會的授意，甚至有了請辭的最壞打算。蘇俊賓：「行政團隊還有很多做得不夠的地方，我們要虛心檢討，但是要對焦。」
消失的36小時，劉兆玄按兵不動，觀察情勢變化，即使9月初，內閣就要全面改組，馬總統卻沒有撤換閣揆的打算，運作一年多的「九萬兆」體制，沒有因為水患土石流而鬆動。
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