兩岸合作打擊犯罪，在馬政府上任後，往來也越來越頻繁，雖然雙方沒官方管道，但是近年來，由民間的刑事偵防協會扮演溝通橋樑，去年，警大校長侯友宜一行人，以學術名義進行交流，創下警署赴大陸最高階級的紀錄，而陸委會主委賴幸媛更表示，期盼在4月26日的汪陳會上，兩岸能順利簽署打擊犯罪協議。
馬總統上任以來，兩岸關係就像破冰，就連兩岸合作打擊犯罪，也似乎愈來愈有默契。
去年10月，由前警政署長盧毓鈞領軍，成員包括現任警大校長侯友宜，以及刑事局長黃茂穗、前海巡署長王郡，警官階級最高到三線四星，創下歷年之最。
衛豐保全監守自盜5600萬，主嫌李漢揚兄弟被大陸公安逮捕後，依小三通模式，戒護遣返馬祖，規格之高，打破以往紀錄，而根據官方估計，台灣已通報大陸的經濟犯，像疑似掏空台灣金融界566億的前東帝士集團負責人陳由豪、前高雄市議長朱安雄，以及涉及掏空中興銀的王玉雲父子，還有84人仍潛逃大陸。員警(2007.1.25)：「不要動，不要動。」
不過儘管如此，兩岸仍合作偵辦毒品犯罪，而調查員出發前，也都必須向主管報備，不過為了希望兩岸合作有更顯著的進展，陸委會主委賴幸媛，將希望放在26日登場的「江陳會」，希望能簽署「兩岸共同打擊犯罪司法互助協議」，為的就是希望就算政治上難有共識，但對緝捕逃犯，兩岸還是能百分百配合。
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