繼前財政部長林全自爆曾經拒絕陳水扁指示後、前外交部長黃志芳也跳出來自清！不但爆料2006年因為反對陳水扁的「廢統說」，被陳水扁痛罵半個小時；還說前國安會秘書長邱義仁常常關切巴紐案、但最後都被他擋掉！不過，接連前朝官員自保爆料，人在羈押的陳水扁透過人轉述，他們都是要面對司法的人，並不期待他們發出正義之聲。
天天親自到學校接小孩的前外交部長黃志芳，不知道是不是接受平面媒體專訪大爆邱義仁和陳水扁料，為了躲鏡頭沒有現身，手機也關機。
自從巴紐案爆發黯然下台後，黃志芳一直難掩落寞。前外交部長黃志芳：「這個豈只是『委屈』2個字能夠形容。」
但當時即使哽咽落淚，還是力挺自己的長官，但被監察院彈劾後，黃志芳態度大轉變，說出前國安會秘書長邱義仁其實常關切巴紐案。
黃志芳說，他不是高層交辦就照單全收的人，除了巴紐案，邱義仁之後又跟他提了很多外交的案子但都被他擋掉，連邱義仁離開國安會和總統府，擔任行政院副院長時，仍有很多外交方面的相關指示，但黃志芳堅持獨立判斷，邱義仁也對他沒辦法繼林全後，前朝官員自清爆料又一樁陳水扁人在看守所看了很生氣。
前桃園縣議員吳寶玉：「很多人面臨司法檢調人員調查，他不會期待任何人，替他講出正義之聲，他也相信每個人會為自己的行為，找一些理由解釋合理化。」
2006年，陳水扁提出「廢統說」，他馬上向府方高層表達反對，陳水扁知道這件事，還親自打電話，把黃志芳足足痛罵了半個小時！陳水扁也有話要說。陳水扁律師鄭文龍：「他說廢了，就是很好的事情嘛，現在不是證明也是如此。」
在監院彈劾前，黃志芳像是掀開壓力鍋一樣，而外界也見識到，即使人被羈押，但陳前總統對相關人等的回應還真的是零時差。
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