二次金改案當初辦的轟轟烈烈，但一審判決卻通通無罪，最主要是合議庭認為，翻遍憲法，都沒有列舉金控合併與總統職權有關的規定，難以認定企業給款扁家有行賄對價，所以不構成貪污。而洗錢部分，法官則認為，檢察官無法證明這些錢，就是不法所得，因此最後才會做出無罪判決。
台北地院發言人黃俊明 ：「合議庭是認為，國泰蔡家交付陳水扁的錢、元大馬家交付吳淑珍的錢，證據上不能證明他們交錢的時候有行賄的意思。」
舉證不足，通通無罪，到底為甚麼？其實全案分成貪污跟洗錢2部分，首先貪污罪，合議庭認為，扁珍當初起訴的罪名，是「公務員利用職務收賄罪」，但翻遍憲法，也無法認定金融機構合併，是總統職權，加上遭起訴的金融高層給款以及扁珍收款，主觀上都沒有賄賂的意思，所以認定沒有貪污。
黃俊明 ：「沒有證據證明，他們有承以任何總統職務上行為應予，因此在貪污罪部分，依據貪污條例所規定，職務上收受賄賂的構成要件不該當。」
那到底有沒有洗錢，法官說的更直接，先說國泰世華保管室的現金，無法證明是不法所得。至於國務費還有南港案，舉證也不足，所以也不構成洗錢。黃俊明 ：「也不能證明吳淑珍、陳水扁以外的其他涉嫌洗錢的被告，在主觀上面是否知道經手的錢為重大不法犯罪所得。」
但這樣的說法，跟之前蔡守訓審理4大弊案的見解大不同，當時蔡守訓以「不違背職務收賄罪」重判陳水扁6個貪污罪，還處最重的無期徒刑，甚至痛批陳水扁「一人貪戾、一國作亂」，如今類似的犯罪事實，卻因為遇上不同法官，有了不同見解、不同判決。
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