海研五號這一次沉沒的地點，就位在澎湖的龍門海域，國科會水下考古助理研究員黃漢彰指出，這裡暗礁多，水深不深，常發生船隻觸礁、擱淺的意外，一艘巴拿馬籍貨輪就曾經因此發生意外，而遊客如果從台灣本島，搭交通船到澎湖，也會經過附近海域，就連貨船也是很相近，但海巡人員表示，因為客船停靠的碼頭是馬公，並非龍門港，所以並沒有直接通過這一次的失事地點。
海研五號發生船難，兩名研究員失去寶貴性命，而事發地點就是在意外頻傳的龍門海域，失事的海研五號，從台南安平出發，前往馬祖要折返時，在龍門海域東北方失事，這裡也是當時巴拿馬籍貨輪沉船海域，船身傾斜和海研五號幾乎一樣，半身沉在海中，而龍門海域這麼常發生船難，不是沒有原因。
澎湖地理專家：「因為有茶壺嶼和茶坡嶼這些，這就很多暗礁啦，而且也比較淺，有時候那個風浪來，它那邊有浪比較大啦。」
龍門海域暗礁多、水深淺，大船容易撞上海中岩石，也讓船長很難掌控航行方向，因此經常擱淺，發生船難。
當地漁民：「很多地方都有暗礁，是不小心沒看到。」記者：「龍門外海危險嗎？」當地漁民：「對。」
其實不只是貨輪、漁船，就連客船也都會經過龍門海域，從嘉義或是高雄出發的客船，航行在龍門海域的南方，不同於海研五號失事的東北方，但是如果要前往龍門港，則離失事點非常近，而要去馬祖則會離比較遠，但是船班頻繁，一間船公司一天好幾班都會經過這，儘管危險，但是有經驗的船長、漁民，遇到狀況還是有辦法處理，畢竟他們得靠海吃飯。
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