復興航空失事當時，馬公機場塔台是「失靈」的，當時正在進行例行性「調整」作業，但航班依舊在台中、高雄機場的空域範圍內，並不影響飛安，馬公機場是軍民混用機場，其實安全係數非常高，不過這次GE222降落的跑道，卻沒有「儀器引導降落系統」，天候不佳的情況下，降落難度變得更高。
電影《亞果出任務》畫面：「363航班可以起飛！」
塔台呼叫航班確認安全，在這一次空難當中，原本該負責指引航線的馬公塔台 當時卻失靈。民航局長沈啟：「馬公的空域上空，其實還有台中的雷達可以蓋住他，或者是高雄這個部份，所以即使有一個有問題，所有的飛機都可以看見。」
當時塔台並沒有在運作，而是在進行「三點定位」的例行性調整，改由高雄、台中中長程雷達輔助降落，民航局表示，航班就算班次擠，但有標準作業流程，工作人員不至於手忙腳亂，不過失事航班降落的跑道卻大有問題，馬公機場僅一條跑道，按照方向分，南往北叫做02跑道，北往南叫做20跑道，失事班機 降落的20跑道，剛好就是沒有儀器輔助降落系統的那條。
其實馬公機場是軍民混用機場，安全係數非常高，這是塔台雖然失靈還是不影響飛安，詳細原因還需要進一步調查。
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