保護李前總統的大安警衛室主任遭到調職，而陳水扁總統的安全維護，也因為加入大量的警官隨扈，造成指揮系統的紊亂，軍警彼此惡鬥不斷，使得防衛機制顯得脆弱。而經過TVBS的調查，親信的警官隨扈還利用借調名義，在警政單位佔用高缺，造成警政單位困擾。
過去負責總統安全的警衛室隨扈人員，幾乎全數由軍職出任，但李前總統打破這個慣例，陳總統更是大量開放警官進入警衛室。維護陳總統安全的玉山警衛室，到底有多少警官，特情人員透露，總統貼身的待從組軍警比例是2比8。而這樣懸殊的比例，對特情工作，造成嚴重的影響。
據指出，特勤中心及總統待衛長，對玉山警衛室都有指揮權，但是，由於兼任警衛室主任的副待衛長，聽命於待衛長，而警衛室的軍職人員，則是接受副待衛長的調度，因此，待衛長比特勤中心，似乎更具權限。而警職人員的人事、獎懲由警政署負責，也讓特勤中心及待衛長十分困擾。
另外，宜蘭縣警察局長謝芬芬，在擔任官邸內衛主任，竟然是在保警總隊佔主任秘書。而陳水扁總統的座車龍頭侍從組長張春波，則是在刑事局站秘書職缺。這類在警政單位佔缺，卻在警衛室擔任隨扈任務的情況不勝枚舉。
陳水扁總統打破慣例的引進大量警職隨扈的作法，在情治圈內被視為不信任過去的特勤人員，而這樣從屬的關係，對國家元首的安全，確實具有相當程度的威脅。
