花蓮光復鄉目前仍處於紅色警戒狀態，居民卻爆出縣府派人於災後三週才前往民宅進行「馬太鞍溪影響範圍保全戶清冊」調查，且文件上標註日期為9月21日，引發居民質疑，災害前幾天沒有收到撤離通知，為何如今才來調查，控訴縣府偽造文書、推卸責任的爭議。對此，花蓮縣政府出面澄清，表示此調查是為因應未來疏散撤離需求，並非回溯災前情況，同時強調將更換新的調查表格。
花蓮縣政府行政暨研考處長陳建村在14日的記者會上解釋，此調查是依據中央前進協調所12日會議中討論的疏散撤離應變計畫，以9月21日中央台大版的警戒範圍為基礎進行調查，內容包括民眾實際居住情形、撤離能力及撤離方式。陳建村強調，這絕非如網路或社群媒體所載是要回溯9月21日災害發生前的情況，也不是偽造文書，並呼籲民眾不要相信不實消息。
另外，中央與地方對垂直避難政策的爭議。花蓮縣府日前行文行政院，建議中央取消垂直避難，但行政院長卓榮泰則引用法條，表示花蓮縣府不採取垂直避難的做法與法律規定相違背，並批評花蓮縣政府推卸責任如同「垂直避難」，將責任推給中央和鄉鎮市區的做法「非常不值得」。
目前，光復鄉暫時堆置場的土方正逐步轉移集中到大農大富平地森林，後續也會進行垃圾分離。雖然13日晚間有下雨，但由於雨勢不大且僅持續約十分鐘，因此並未影響土方堆置。
