新港奉天宮年度捐款高達1億元，卻陷入經費使用爭議。廟方被指控將信徒捐款挪作旅遊經費，包括綠島一趟花費235萬元、韓國行每人花費3萬5千元等出國交流活動。針對此指控，廟方董事反咬提出質疑的黃姓總務組長過去也曾獲得許多好處，甚至有人因此爭議氣到中風。
新港奉天宮每年舉辦多項國內外交流活動，包括前往日本京都參訪，期間廟方人員穿著奉天宮背心，並抬著媽祖轎子進入神社參拜。除了日本行程外，廟方也曾安排綠島、金門、馬祖等國內行程，以及海上出巡活動。然而，這些活動的經費來源引起爭議，黃姓董事質疑廟方將信徒捐款用於員工旅遊，指出綠島一趟花費高達235萬元，韓國行每人需花費3萬5千元。
新港奉天宮監事許永鈜則認為黃姓董事言論不實，他表示黃姓董事說話不經大腦，嘴巴太壞才會造成事故。廟裡其他董事和監事也指責黃姓董事阻礙廟務發展。
嘉義縣政府民政處宗教禮俗科長張瑜明說明，廟方有定期將財務收支報告列入董監事會議討論審查，並報縣政府備查。據了解，新港奉天宮在113年度信眾透過贊助點燈等方式的捐款總額超過1億元。根據法規，寺廟財務必須按時申報收支情況，向縣政府備查並公告。此次爭議引發信徒關注，希望了解自己的捐款是否確實用於廟務發展。
