7天之內，國防部長就換了3個人，原本各界預期，已經在國防部副部長服務4年的楊念祖，可以順利扛下部長職務，也是馬總統任命的首位文人部長，但現在正值軍中士氣低迷之際，非軍系出身的楊念祖，對馬總統的政策照單全收，沒有替國軍爭取改革的緩衝空間，意外引爆軍中的反馬情緒；但其實到目前為止，30任國防部長，只有5位真正的文人部長，這5個人卻都面臨軍中將官表面服從，心底不服的問題，前國防部長唐飛就說，台灣根本沒有任用真正文人部長的條件。
時任國防部長高華柱：「向社會大眾表達十分的歉意。」
時任國防部副部長楊念祖：「我代表國防部，很沉痛的向所有的朋友道歉。」
一個下士的死，讓國軍出現建軍以來最混亂的局面，誰接任，都被視為跳火坑。TVBS記者楊鎮全：「7天換了3位國防部長，創下了紀錄，當然也成為新聞討論的熱點，不過國防部長依照法律的規定，必須要由文人出任，最主要的原因就是要防止軍人干政，但是我們的國防部長，絕大多數都是脫下軍服的文人，這也讓真正文人部長的理想，一直沒有辦法達成。」
國軍建軍以來，包含剛剛接掌國防部的嚴明，總共30任，29位國防部長中，純文人背景的卻只有5位，民國75年汪道淵接下國防部長，成為中華民國史上第一位文人部長，4年後，前總統李登輝，大膽啟用財經背景的陳履安接掌國防部，隨後又從學界徵調台大校長孫震。
但顯然和軍中長久以來的文化，存在著落差和隔閡，2000年到2008年民進黨執政時期，陳水扁任用的5位國防部長中，除了最後3個月，因為鐽震案臨時扶正的蔡明憲，其他4位也都還是軍人出身，馬總統也到了執政第5年，才決定讓文人部長楊念祖上台，但還是壓不住陣腳。
前國防部長唐飛：「文人部長的基礎是，你要有足夠的軍用文官支撐他，可是我們已經8年(民進黨執政)，和5年(馬執政)，共13年了，13年了軍中的文官，還是假象的文官。」
不只文人部長條件還不成熟，在國防法修正之後，國防部長開始全面集權，過去軍權集於一身的參謀總長，在承平時期，權力相對被弱化，資深軍事記者觀察發現，軍職出身的國防部長，會習慣性推薦比較不強勢的總長，可以方便控制。
資深軍事記者黃敬平：「參謀總長慢慢的就變成軍中，雖然是位階最高，而且從四顆星一級上將，降到二級上將三顆星的位階之後，就變成國防部長的幕僚長，他在軍中的位階，變成屬於軍中最高的，但屬於政策政治決策這方面，還是不如國防部長。」
部長和總長的鬥爭時有所聞，但在國軍傳統文化裡，更為人詬病的，還有軍種內鬥。前國防大學戰研所所長扶台興：「軍種敵對的狀況始終一定存在，因為過去部份的部長，他這個在人事的選員方面不公平，用之前自己軍種的人，歷任的很多部長都有這種事情。」
正因為大多數的國防部長，都還是脫下軍服的「假文人」，讓國防部裡還是充斥派系人馬的權力鬥爭，以參謀總長來說，過去幾十年來，依照慣例就是要由陸海空軍的高階將領，依照軍種輪流出任，考慮的就是平衡，但長久發展下來，卻變成了將領互發黑函，互揭瘡疤拉人下馬，才有機會升官的怪現象。
TVBS記者楊鎮全：「學者出身的楊念祖擔任國防部副部長，前後長達4年的時間，在國防部出現重大危機的此刻，他接下國防部長的工作，最重要的任務就是要重振軍心，同時也要幫馬總統完成國軍改造的工程，但是楊念祖並沒有考慮到，軍心士氣太低，改革照單全收，讓國軍內部意外燃起一股反馬的勢力。」
洪案爆發之後，馬總統不只一次公開要求國防部檢討，也把軍事審判權飛快的移交給一般司法，楊念祖聽令三軍統帥，沒替國軍爭取緩衝說話，讓軍隊的不滿全面爆發。
馬總統上任5年多，真的就只主持過一次的成軍典禮，軍方的活動，以前三軍統帥會參加的，他都興致缺缺，甚至國軍年度最重要的漢光演習，他也一直到上任第5年，才第一次參與火力展示，同時一連串檢討軍人福利，強行推動募兵制的想法，都和基層部隊想法出現極大落差，讓軍人有種不被尊重的感受。
文人部長的理想無法實現，只得讓馬總統打出安全牌，請出輩分最高的空軍上將嚴明接掌國防部，海軍出身的副部長高廣圻接下參謀總長，直接打破幾十年來，陸海空軍輪替出任的慣例，這樣的人事安排，就看能不能安撫躁動的軍心。
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