逃亡5天，行李炸彈犯終於落網，看似縝密的計畫，其實處處露餡，案發第二天警方從做案的休旅車上查到一枚指紋，確認是計程車司機朱亞東，更在行李箱上採集到律師胡宗賢的DNA，儘管2人已經潛逃出境，還是透過大陸公安在廣州逮人，另外警方調閱通聯記錄，發現胡宗憲曾打電話叫外賣，進而追出他製作炸彈的地點，查獲和炸彈行李箱上一樣的「關聖帝君」字條，並在他位於台南新營的住處中搜出搜出甲醇、硫酸等48件證物，刑事局偵訊後將人移送地檢署。
警方漏夜偵訊，凌晨3點，行李炸彈案嫌犯朱亞東低著頭、掩面，後方一頭金髮的主嫌胡宗賢不發一語，2人快步走出刑事局，一起犯下高鐵和立委服務處的炸彈案，案發後第5天，2人被警方從大陸押解回台。記者：「是跟立委有過節嗎？為什麼選在盧嘉辰的服務處？」
擁有律師背景的胡宗賢找來運將朱亞東一起犯案，2人12日都出現在台南新營，警方也在胡宗賢台南的住處，搜出甲醇、硫酸等48件證物，當天2人在立委盧嘉辰服務處放完炸彈後，開著廂型車到加油站，穿著白上衣的朱亞東和黑色上衣的胡宗賢一前一後的走進洗手間。
接著繼續開車前往桃園停車場，下午就搭飛機前往澳門，在珠海落腳一晚後，在飯店把犯案時穿的警用背心丟棄，後來就一直躲藏在廣東中山地區。
警方掌握2人身分，全憑科學辦案，13日晚間6點，警方循線找到作案的廂型車，就這麼巧，駕駛座旁的窗戶發現一枚指紋，比對發現，有妨害風化前科的朱亞東就是嫌犯，同一天在高鐵和立委服務處棄置的行李箱，以及作案車輛，確認出胡宗賢的DNA，原來他當初與女朋友吵架，互控傷害，女友指甲縫隙的皮屑，讓他身份也跟著曝光。
警方比對通聯紀錄發現，從網路學習怎麼製作炸彈的胡宗賢，熬夜過程中一度肚子餓，還曾叫打電話外賣，循著線索找到地址，確認2嫌身分，專案小組請大陸公安幫忙，14日凌晨1點半，在酒店逮捕正在尋歡作樂的胡宗賢、朱亞東，並將躲藏5天的炸彈犯解送回台，初步排除2人是因為政治動機作案。
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