到底農委會有沒有隱匿疫情，民間團體提出新證據，他們拿到民國99年農委會的機密會議文件，內容指出當時檢驗結果，已經符合世界動物衛生組織規定的「高病原性禽流感」，回報的資料卻完全沒提到！甚至民國99年4月1日為了防堵禽流感，禁止市場現宰活禽，農委會卻在幾天前以「疫情趨緩」為理由，恢復市場現宰，再加上有學者疑似幫散播病毒的疫苗業者背書，恐怕是禽流感疫情再度爆發的主要原因。
農委會到底有沒有在說謊，隱匿疫情導致禽流感大爆發，民間團體提證據。台灣動物社會研究會主任陳玉敏：「防檢局真的在愚民，在99年這個時候，收到這個隱密的檢舉函說，台灣已經爆發高病原(禽流感)，悄悄的爆發的時候，我們的防檢局、農委會，居然重新弄了一個公告，在3月26日的時候說我們的疫情已經趨緩。」
世界動物衛生組織提醒，雞糞是散播病毒最直接途徑，但99年4月1日明明公佈市場禁止現宰活禽，幾天前農委會卻說「疫情趨緩」，市場可再度現宰家禽，沒想到同年10月疫情再爆發，民間團體甚至拿出農委會的機密文件指控。
99年3月1日和3月8日的會議記錄，IVPI早就超過世界動物衛生組織的1.2，也驗出多個鹼性氨基酸，卻沒向世界動物衛生組織通報是「高病原禽流感」，甚至公民記者李惠仁懷疑，疫情最初爆發，就是疫苗業者不當施打病毒在雞隻身上，還有學者來背書。
永達技術學院助教林德田：「他送來只有送血清而已，並沒有送其他的東西。」
為疫苗業者背書，學者不認帳，但看在民間團體眼裡，農委會面對禽流感前後態度不一，很難讓人信服。
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