普悠瑪意外傳出跟ATP自動防護系統故障有關，專家說ATP系統式列車超速防護系統，在鐵軌上都有設置，可以計算列車位置，因此超速或減速及剎車，都會在自動控制範圍之內，相當於防呆裝置，不過ATP系統是可以手動關閉，這是駕駛前線操作權力，一旦關閉列車就會超速，過去也曾因此發生過連環車禍。
ATP全名是：列車超速防護系統，是自動制動裝置，鐵道專家說ATP能夠計算列車位置，包含加速、減速、煞車都能夠被限制速度，但關鍵在駕駛可以手動關閉。
台鐵局主任秘書朱來順：「ATP操作其實是我們司機員的操作，前線沒有要跟我們總局要報告。」
台鐵局這番話證實司機可以手動關閉ATP系統，而且不用先回報，鐵道專家也說會去手動關閉，可能跟駕駛行車壓力有關，比如週末旅客多，列次可能延誤，行車會出現走走停停狀況，司機可能就會採取手動關閉，這是前線操作權力。
鐵道達人古庭維：「來去偵測火車通過速度，他在事先設定的這些程式裡面，去把火車通過哪些路段要有限速等等的，這些限制都已經先輸入進去裡面。」
但ATP系統等於防呆裝置，普悠瑪最高時速可達150公里，雖然台鐵列車行駛限速130公里，但ATP一旦被關掉或故障，就可能達到140公里時速，再加上新馬車站屬於彎道，可能發生意外，但這次普悠瑪出事是否跟ATP有關係，還要再調查。
鐵道達人古庭維：「幾乎可以說ATP是最後一道防線，而且非常重要。」
攤開過去ATP系統出問題的事故，2007年大里車站火車司機手動關閉ATP，造成連環撞嚴重車禍，2016年9月台鐵區間車就曾在七堵站和將送回機廠的自強號，就因為撞壞轉測器，兩班列車緊急煞車，距離只有2百公尺，還是差點撞上，專家形容ATP系統宛如飛機黑盒子，通過速度為何，有沒有關閉都能夠調查得知。
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