受到甲仙強震影響，高鐵從台中以南已經停駛一整天，影響旅客人數難以統計。民航局表示，將加班飛機班次，協助輸運。
民航局局長李龍文：「今天下午從6點鐘開始，我們分別飛航台北到嘉義、台北到台南、台北到高雄等等航線，另外我們明天(5日)早上也會協調相關的航空公司，來做這樣的服務，我們會再看實際高鐵恢復服務狀況，再做機動性協調航空公司加班，來處理這些往返的旅客。」
高鐵公司在台南太保路段連夜檢修，目前列車還卡在鐵軌上，沒有拖回機廠，不過初步結果，鐵道並沒有受到影響，所以高鐵公司決定5日恢復全線雙向通車，每小時整點以及30分，會分別發一班自由座，並且是各站停靠的列車。
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