美濃地震為何台南永康傷最重？學者馬國鳳認為是「雙主震」的緣故，高雄美濃先發生地震，震波傳到台南永康附近誘發斷層活動，造成雙主震，由於2次地震間隔只有4秒鐘，地震測報中心則認為拆解地震很困難，而且規模大的地震通常破裂不只一次。
美濃地震卻重創台南永康，不只民眾覺得好奇怪，就連學者都匪夷所思，經過4天研究，學者李國鳳發現這是雙主震，高雄美濃跟台南永康附近都各自發生一次主震。
地震學者馬國鳳：「其實地震剛發生的時候大概4秒鐘，它往西傳到台南永康附近，它又誘發另一個地震。」
李國鳳還有其他學者發現，小年夜凌晨3點57分，高雄美濃地震規模6.4，誘發台南永康附近斷層也發生地震，因為是直下型地震又在台南市區，破壞力才會如此驚人。
攤開資料來看，新化國小測站的波形就是關鍵，學者注意到美濃地震的S波，測站還沒有太大反應，不過第二次地震的S波卻有明顯感應，推斷第二次主震就在台南，間隔只有4秒鐘，才會認為只有一次。
地震學者馬國鳳：「第二個訊號通常藏在第一個事件裡面，因為只有4秒鐘，所以氣象局在定規模地震大概6.4或6.3，事實上這是2個地震訊號結合的能量。」
氣象局地震測報中心主任郭鎧紋：「我們從這樣的一個地震波很難去拆解出說，在4秒鐘後有另外一個新的地震、新的主震發生，通常一個比較大的規模大概到6.4以上的地震，它那個破裂可能都不會只有一次。」
雙主震在過去都有發生過，1995的宜蘭地震、2006的屏東地震，發生在海上而沒造成實質危害，這次台南受創嚴重，也讓民眾見識到雙主震威力。
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