許多開車民眾，抱怨eTag餘額查詢手機程式不好用，因為介面太過繁瑣複雜，有業者乾脆自己開發餘額查詢APP，但是這些開發商都收到遠通的公文，要求5日內下架，不少開發商被嚇得自行下架，但也控訴遠通太過強勢，遠通方面則表示，為了維持資訊正確性，會持續要求民間開發商下架。
這是手機程式開發商彭先生的一天，每天至少工作12小時，但把好不容易寫出來的熱銷程式，他卻捨得下架，因為收到這份公文。
手機程式開發商彭先生：「幫助車主更清楚知道他自己的餘額，剩下多少，那為什麼會影響到他(遠通)的營運，我們真的不了解。」
個人散戶收到企業公文，嚇到趕緊下架，遠通指控業者違反公平交易法，要求5日內下架，開發商圈內傳出，只要開發etag程式上架，遠通公文馬上到。
目前包括能讓使用者隨時登入的eztag，或是利用GPS定位原理的my etag，民間版程式遠通是看一個砍一個，原因是什麼？
遠通電收發言人：「所以等於他們是憑空，去取得這些資料之後，再去作app的開發，所以遠通電收是有權去主張，我們是唯一受政府授權的。」
遠通表示因為擔心民間程式涉及個資，也沒辦法保證資訊正確性，才會要求下架，但是民間版程式查詢，只要一個步驟三秒就能查到餘額，遠通程式需要經過多個步驟，至少需要20秒確實比較不好用，除了要求民間程式下架，遠通更可以加強程式功能性，讓消費者不需要考慮其他選擇。
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