台北市長馬英九要如何處理總統府前的群眾集會？成了台北市議會藍綠兩軍交鋒的話題。民進黨議員認為，馬英九應該發揮政治影響力，讓泛藍民眾解散，但是新黨的議員們卻覺得，馬英九應該請假和泛藍民眾一起靜坐！對於台北市連宋得票數不如預期，新黨市議員指出馬英九的市府團隊，像是龍應台跟鄭村棋發起投廢票運動，影響連宋選情。
民進黨台北市議員召開黨團大會，討論的議題，是國親支持者的聚集事件，他們把矛頭對準了台北市長馬英九。台北市議員(民)李建昌：「連宋兩位主席現在是綁架台北市長馬英九，馬英九也是非常不甘願的被綁架在配合。」台北市議員(民)顏聖冠：「希望台北市長馬英九在這次的群眾運動之中能夠更積極的處理。」
民進黨議員們砲聲隆隆，認為馬英九有義務要求群眾解散，也有義務為台北市民的生活品質考量，但是藍軍的盟友新黨的議員卻不這麼想。台北市議員(新) 李慶元：「馬市長在這方面其實夠盡責任，也太盡責任，他沒有請假跟民眾站在一起，其實泛藍民眾也有很多不滿意。」
只是新黨的議員也認為，連宋台北市的選票開的不好，問題在馬英九的市府團隊。台北市議員(新) 李慶元：「你用了一個腦筋不清楚的文化局長龍應台，在這次選舉期間回來開新書發表會，你開發表會就算了，竟然還說她主張不投票運動，台北市、台北縣、桃園縣就開出就開出11萬5千張廢票，我們不敢說這都是鄭村棋的功勞，但是我相信這也佔了七八成。」
台北市議員(新) 侯冠群：「馬市長你的不沾鍋的個性已經行不通了，你也沒有辦法在左右逢源了，你必須要站在大多數泛藍群眾的這一邊。」
一向被說成有政治潔癖的馬英九，現在成了綠軍眼中執法不力的市長，在藍軍盟友眼裡，質疑馬英九沒能有效成功轉移自己的選票給連宋。
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