國民黨中常會請來了中研院副研究員馬自恆，發表了一份2004年總統大選研究報告，認為在廢票率高的縣市，連宋得票率偏低，有「作票」嫌疑；不過有學者認為這份報告犯了一個「虛假相關」的錯誤，不能單純以廢票率和連宋得票結果做比較。學者強調，廢票率偏高，和這次大選中「有效票認定」較為嚴格有關，不能因此認定政府做票！
中研院副研究員馬自恆以中選會公告的選舉結果比對分析，舉出在雲林、彰化、和嘉義等縣市，連宋得票率偏低，廢票率明顯偏高，其中國民黨執政的雲林廢票率更高達4%，居全國之冠，馬自恆因此推斷有作票的可能。不過同樣研究數字，跟選舉的中研院副研究員徐永明有不同的見解。
中研院社科所副研究員徐永明：「在統計上叫做虛假相關，就是說，候選人得票跟廢票之間看起來好像有相關，可是它可能同時是被第三個因素所影響，我們的觀察這第3個因素叫做教育程度，教育程度比較低，支持扁呂的比率也比較高，相對而言，支持連宋比率就會比較低，雲林縣是泛藍執政的縣市，我不相信張榮味會想要把票做給陳呂。」
根據馬自恆的分析，在部分偏遠鄉鎮例如石碇、貢寮廢票率高達6%，這些地區更有可能在選票上動手腳，不過徐永明以廢票率居全國第二的金門為例，認為不可能。中研院社科所副研究員徐永明：「廢票比率增加比較高的縣市是金門縣，他2000年的時候廢票比率是0.87%，今年是3.66%，那我很難想像泛綠會在金門縣做票。」
徐永明強調，這次大選廢票多，是因為有效票認定嚴格，不能把作票和廢票多寡混為一談。
