驗票第4天，各地發現有因為公投選舉人名冊和總統選舉人名冊誤用，導致領票數和實際總票數不符的情況，也成為藍營質疑幽靈票的焦點。藍營表示，雲林、屏東、高雄都有發生；不過綠營回應，票數出現誤差，可能是總統選舉人名冊錯置結果，高雄市1萬5千多票因此封箱停驗，所有爭議票數都將送高院裁定。
台北市驗票，藍營提質疑，12張將人型戳記蓋在號碼上的陳呂無效票被認定為有效票，還有部分票袋封口不完全，立委直說，不能理解。
另外桃園地院也發生有書記官因為天氣過熱昏倒的意外插曲，所幸送醫後沒有大礙；而在桃園八德483投開票所，藍營律師表示，發生領票數只有522票，總共票數卻有1141票；雲林斗六市第56投開票，地院發現總票數比選舉人名冊登錄的領票數多出198張選票，綠營律師團認為應該是總統和公投選舉人名冊錯置，堅持查驗公投選票。不過藍軍卻強調，核對的的確是總統選舉人名冊，雙方各有解讀。
藍營律師代表黃怡騰：「的的確確就是總統副總統選舉人名冊，昨天看到絕對不是公投選舉人名冊。」綠營律師代表李建忠：「有可能是公投選舉人名冊和總統選舉人名冊弄混。」
藍營律師表示，屏東市第50投開票所選舉人名冊登錄領票人數887票，但是開驗結果卻是1248票，多出361張選票，可能是誤用公投選舉人名冊導致；內埔鄉第368投開票所，選舉人名冊登錄連宋得票數為365票，但是驗票時只發現65張，300張連宋的選票和275張用餘票找不到；內埔鄉第369投開票所，選舉人名冊登錄扁呂的有效票746張，但是驗票結果卻只有300張，446張的扁呂選票也找不到，藍軍懷疑找不到的選票可能是誤放到公投票袋，藍營要求查封票匭，送高等法院進一步裁定。親民黨立委鍾紹和：「總共加起來遺失票1千多張，比例上算是高。」
而在高雄前鎮第728投開票所，綠營透露，發現選務疏失，在選票登錄上，1號有效票684張登記成327張，少了357張，2號324票卻登記成691票，多了367張。綠營律師周村來：「2號有效票應該只有324票，記成691票，被我們律師發現，等於幫1號找回357票。」
高雄地方法院上午已經驗完高雄市8百多個投開票所的選票。下午驗高雄縣，驗票4天來，高雄市12個投開票所、1萬5千多張選票，因為選務人員錯將公投名冊拿來讓民眾領總統選票1萬多票，高雄地院決定封箱停驗，等高院裁定如何處理。
至於離島金門、新竹縣和苗栗和嘉義市和台東縣進度超前，已經完成驗票作業。
