眼看著九月份的試車在即，不過高鐵核心機電系統當中最重要的號誌系統，現在進度卻嚴重落後20%，而之所以落後的主要原因，就在於採用日本新幹線系統的台灣高鐵，在號誌系統方面，卻要使用歐洲的雙向號誌系統，這讓日本機電人員大傷腦筋。
儘管台灣高鐵機電系統是採用日本新幹線系統，但台灣高鐵在許多的設計跟規格上，還是可以看到歐洲高鐵的影子，其中機電系統當中最重要、也是最核心的號誌系統，台灣高鐵公司就打算採用歐洲的雙向號誌系統。台灣高鐵公司發言人林天送︰「我們只有功能上要求，在我們不是正常運轉的時候，我們必須要雙向號誌功能，當初歐鐵跟日鐵要來拿這個生意的時候，都說沒問題。」
所謂的雙向號誌又叫做雙單線，也就是同一條軌道上，可以進行兩種不同的行車方向，歐洲鐵路的號誌系統都是這種系統，而日本的新幹線，40年來都是採用複線，也就是一條軌道只能作單一行車方向，對於採日本新幹線的台灣高鐵來說，要使用歐洲的號誌系統，鐵道專家有些擔憂。
鐵道文化協會總幹事鄭銘彰︰「今天我們採用歐洲的雙單線號誌的話，事實上它還是可以跑，可是我們在實際運轉之後，我們會發現到這套號誌的建制是很多的功能是用不上，以日本的鐵道觀念來講，他們認為說，你買了我的新幹線系統，理論上就應該要把所有東西移植過來，可是就一個商業行為來講，恐怕也不完全是這樣的一個考慮。」
台灣高鐵公司發言人林天送︰「鐵路是非常在地化的東西，它來台灣做一樣，他去韓國做也一樣，他只要離開歐洲跟日本，它就可以做這樣子，他絕對不是百分之百的。」
根據了解，日本的機電專家對於這個問題很傷腦筋，傷腦筋的不是技術作不出來，而是要改變新幹線40年來的傳統設計，會讓系統不穩定度提高，雖然不會有行車上的危險，但是如果電腦當機，連車子都跑不動，而除了號誌系統，接下來包括人員的訓練，試車後所發現的大小問題的修正，都是高鐵在營運前面臨整合的最大考驗。
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