根據國內一份水庫水質的調查報告，包括翡翠、曾文等9座水庫裡檢測出含有微囊藻毒，其中曾文和牡丹這2座水庫微囊藻毒的含量超過世衛標準的2倍，醫生表示，長期飲用含有微囊藻毒的水，將可能誘發肝癌。
TVBS記者張嘉男：「根據成大環工系教授林財富的調查，國內有9座水庫檢測出含有微囊藻毒，其中曾文和牡丹的含量，高達每公升2.4毫克，超過世衛標準有2倍之多。」
成大環工系教授林財富：「水庫裡他微囊藻毒的濃度，在原水只有少數的幾個水庫，它有超過世界衛生組織所建議飲用水的標準，但是在經過處理程序後，它的濃度降低了4.5%。」
微囊藻屬於藍綠藻的一類，多半生長於水質不佳並且含氮磷較多的水裡，同時在分裂時會將毒素釋放出來，人體長期飲用容易誘發肝癌。林口長庚臨床毒物科主任林杰樑：「微囊藻毒最主要會對肝細胞造成傷害，一次飲用大量的話會產生猛爆性肝炎，慢性的話，即使飲用少量，沒有出現中毒的現象，還是會出現癌症的癌病變。」
由於微囊藻毒具熱穩定性，加熱之後也不易被破壞，只有在水中加氯才能破壞毒素。林口長庚臨床毒物科主任林杰樑：「微囊藻毒容易受氯的破壞，或是受臭氧活性碳的吸附，假如水處理完整的話，毒性會急速向下降，但是他並不會因為水煮沸而消失。」
如何去除水庫裡的微囊藻，教授表示包括過濾、撈除以及添加硫酸銅等化學藥劑，都是常見的做法，不過這些方法只能治標，最好的方法還是限制水源區裡的遊客人數，禁止畜養牲畜，才能保障民眾飲用水的安全。
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