319真相調查委員會即將成立，只是引發的爭議卻越演越烈，不只府院黨質疑真調會違法濫權，司法檢調界更是大反彈；檢改會就表示，將發起不合作運動，揚言不配合真調會運作。
319真調會條例依照國親版本，在立法院三讀過關，總統府秘書長蘇貞昌提出嚴厲批判，質疑國親的作法形同「美麗島事件」，自以為違憲擴權就能夠炮製真相，然而「人民才是最後的審判者」，國親只講力、不講理，將會加速敗亡。
蘇貞昌用政治角度砲轟藍軍，同時還將透過法律程序，提出覆議尋求翻案，同一時間，司法檢調界也對真調會的制度設計，大反彈。
檢改會發言人陳瑞仁：「委員會的組成是用政黨推薦的，這一點我們堅決反對，因為一個司法機關它的組成絕對不能用政黨推薦，爭議還沒有解決之前，我們是暫時採取不合作的運動，你如果要來借調我們，那對不起我們沒有意願。」
司法界對真調會最大的質疑，在違憲濫權；首先，真調會的職權行使過程完全沒有受到國家法令限制，超越現行司法體制，遭到最多批評；政黨比例組成真調會也是一大爭議，其中國親掌握過半席次，可以主導討論與結論，使得綠營對真調會的公正性大打問號；至於真調會調查報告，要是與法院判決有出入，可作為再議理由的規定，也被抨擊真調會已經變成太上法院。
然而面對種種的質疑，國親方面也提出解釋，強調真調會雖然可以借用檢察官的調查權，但是司法審判權仍然在法院，並沒有侵犯法院獨立審判的精神，只是藍綠陣營在真調會成立之後，繼續交鋒，讓這個我國第一個比照獨立檢察官精神成立的特殊單位，製造出的問題，恐怕會比未來發現的真相還要多。
