國徽、黨徽爭議未了，已經沿用近百年的中國童子軍總會童軍標章也面臨相同的問題。高雄市一位民眾指控中國童子軍總會註冊的標章，涉嫌違反商標法，最高法院做出判決，認定童軍徽章中因為有國徽，依法不得申請註冊，也就是說，中國童子軍的標章將面臨被撤銷註冊。
這是去年中國童子軍在台所辦的慶祝大會，只不過，使用近百年象徵榮譽的童軍徽章，將被撤銷註冊的命運，原因是，最高行政法院認定，商標相同或近似國旗、國徽，不得申請註冊，中國童子軍總會表示，標章使用近百年，加上世界多數國家都是混著國徽使用。中國童子軍總會秘書長黃博正：「我們向智慧財產局申請專利的時候，是民國66年11月1號，我們開始使用30年，到96年11月31號，這都是我們的專利期。」
中國童子軍總會說，當初申請商標專利，為的是榮譽、服務的精神，如今被民間人士拿來當成營利的目的，他們才會提出異議。中國童子軍總會秘書長黃博正：「童軍運動就是三個制度，一個是榮譽制度、徽章制度、小隊制度，而我們很重的是徽章制度，希望大家不要仿冒使用，不要濫用，讓這徽章的價值失去價值。」
目前最高法院認定，童軍徽章違法商標法，中國童子軍總會除了委託律師繼續上訴外，也將發函，請求名譽會長總統陳水扁捍衛這一面象徵榮譽的童軍徽章。
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