教宗遺體在經過葬禮，告別彌撒後將進行入殮儀式，教宗的棺木將經過三層棺槨層層密封，重達半公噸，最後棺木會移到教堂地下室，葬於教宗若望23世一度埋葬的墓位長眠於此。
教宗遺體在葬禮後隨即入殮，生前助手會在遺體頭部覆蓋白色絲質面紗，教宗手中會握有一串唸珠，身上所穿的壽衣則是一件紅色祭衣。
遺體首先放進最內層的柏木棺材，再放進第二層的鋅棺密封，最後放進橡木的棺木中，整組棺木重達半公噸，棺木上最後蓋上雕像，以及刻有名字出生年月日的雲石板，最後長眠教宗若望23世一度埋葬的墓位。
隨同教宗一同入殮的，還包括一份以拉丁文寫成教宗生平紀要隨，同紀念印章放進鉛管中，這些錢幣紀念印章會放在棺木中一個特製的小口袋，以及在教宗在位時鑄造的錢幣。
根據教廷表示，教宗的遺體已經經過特別處理，但是卻沒有做防腐的處理，教宗棺木在葬禮結束後，由樞機主教團團長帶領下，從大教堂中檯回教堂的地下室，與歷屆辭世的教宗一起長眠。
