民進黨主席陳水扁下令所有黨員在9月5號之前，退出媒體經營之後，幾乎所有兼營媒體的黨內政治人物，都立刻辦理辭退的手續，只剩下蔡同榮還未做出抉擇。他只表示願意盡量配合主席的指示，但必須再給他兩個月的時間思考，他會在立委和媒體之間做出選擇。 面對陳水扁主席明確指示要在9月5號退出媒體，經過一夜的思考，蔡同榮有了初步的回應。民進黨立委蔡同榮：「宋楚瑜不能當選，阿扁總統應該要連任，這樣的原則下，我應該要認真支持與配合陳水扁總統的觀點，他要做什麼樣的決定，我還要跟家人商量，還有兩個月。」 蔡同榮說民視是他宣揚本土理念的重要管道，要他離開民視，就等於毀了他的使命，但要他辭立委，也是困難的決定。民進黨立委蔡同榮：「因為立委205個，哪有差你蔡同榮一個，立法院這麼大，蔡同榮你死在立法院裡，說不定都沒有人知道，但是叫我辭立委，對我來說，也是很痛苦的決定。」 提到在中常會抨擊他的立委羅文嘉，蔡同榮改換成長者的語調。民進黨立委蔡同榮：「(羅文嘉)很打拼很努力，很有表現，對一個新科立委，我可以了解，了解與諒解。」 陳總統下達退出媒體的命令之後，除了原先就已經請辭環球董事長的張俊宏之外，其他黨籍立委包括葉宜津、周清玉、邱創進以及侯水盛，都已經立刻辦理辭退的手續，蔡同榮成為唯一沒有立即配合主席指示的黨員。
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