佛光大學前校長龔鵬程因為在校內舉辦烤全羊活動，又發表文章討論性慾，被認為顛覆佛光山信仰，引發佛光山信徒不滿，因而自動請辭。佛光大學校方上午對外澄清，學校雖然是宗教興學，但並不會限制學生的宗教信仰。
佛光大學前任校長龔鵬程請辭，引發外界質疑學校行政干預學術自由的爭議，佛光大學學生也認為前校長很無辜。
因為舉辦西藏文化季活動，在校區內烤全羊，引起佛教信徒不滿，龔鵬程今年6月自動請辭，佛光大學提出澄清，學校從未強迫學生不能吃葷食，也絕對尊重學術自由。
至於當時接任校長職務遴選過程，因為遴選教師人數不足，被指不符規定，現任代理校長趙麗雲認為是一場烏龍，連自己都成了受害者。
舉辦西藏文化學術研討，佛光大學惹來一身騷，前校長龔鵬程雖然自動請辭，不過學術自由跟宗教信仰的爭議卻還沒落幕，佛光大學校長人事案將在年底前重新辦理遴選，校方表示，以後辦理類似活動時，將會更加謹慎。
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