民進黨立委侯水盛的「同志亡國說」引發同志團體反彈，呂副總統認為這是侯水盛的個人意見，不過當記者提到有人將「同志亡國論」與「愛滋天譴說」相提並論時，呂副總統立刻嚴辭澄清，她絕對沒說過這種話，希望請外界不要挑撥。
副總統呂秀蓮：「同志可以結婚的權利，同志也可以認養小孩，所以這個人權基本法草案已經做這樣的制定，我想可以證明我們新政府對於不同性別的國人同胞，都給予高度尊重個別的言論，我想不能代表政府。」記者：「副總統，有人把愛滋天譴論和同志亡國論放在一起，您的看法如何？」副總統呂秀蓮：「我想不要再挑撥好不好？我絕對沒有講愛滋天譴論，我完全是被誤會了。」
