藍綠兩陣營打文宣廣告戰，波及媒體。連戰批評民視不播他們的競選廣告，是民主倒退的行為，民視反駁說他們播廣告的原則是看有沒有詆毀國家元首；而民進黨也反指國民黨的黨營媒體「中廣」，也要求修改民進黨的廣告企劃。
國民黨競選廣告民視拒絕播出，連戰站上第一線，抨擊民進黨是幕後黑手。國民黨主席連戰：「民進黨這個陳水扁政府不當干預媒體又多了一樁，這是我們國家民主的倒退又多了一筆。」
連戰的解讀民視不以為然，還說他們接廣告是有原則的。民視總經理陳剛信：「不是選擇國親廣告來抽的，我想我很在乎的是（廣告）第一個要愛台灣的，尤其對現任的國家元首如果說有一些形象上負面的東西，可能對國家來講不太好，所以我們觀眾打電話來，我們的收視率會流失。」
被批評操控媒體的民進黨馬上以同樣標準檢視國民黨，民進黨說他們的活動宣傳廣告也被中廣要求修正。民進黨競選總部發言人吳乃仁：「裡面只有一句話說阿扁總統也會到場，他要我們改變成民進黨黨主席陳水扁也會到場。」
中廣也隨即澄清說他們是為了維護國家元首安全，才要求修正。中廣副總劉廣生：「我們做一個大眾傳播、媒體，尤其廣播，如果從早到晚一直告訴總統什麼時候、什麼地點、什麼時間要到什麼地方，我想任何一個民主國家也不太允許這樣的一個預告。」
一個是黨營廣播公司，一個是民進黨大老創辦的電視台，接不接廣告竟然都捐棄帳面利益，優先考量元首的安全與名譽。
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