桃園鐵路地下化桃園車站工區發現文資古蹟，引發外界關切是否將影響整體進度。對此，交通部鐵道局回應，桃地計畫桃園車站施工面臨與桃捷綠線G07站相同文資議題，早於規劃階段即已掌握工區存有文資遺構，預先評估發掘所需時間及可能影響範圍均已納入整體計畫期程安排，「目前試掘作業依程序進行中，尚不影響122年第一階段通車目標。」
鐵道局指出，桃園車站因與桃園捷運綠線G07站共構，因此施工面臨相同的文資議題。為此，工程開工後鐵道局即依規定提報「桃園舊火車站鐵道遺構考古遺址發掘計畫」，桃園市政府文化局並於今年2月10日同意備查。
據評估，受文資影響範圍合計約7,500平方公尺，為避免影響工期，鐵道局劃分為6區進行試掘，並採分區提報試掘成果方式送文化局辦理會勘，加速行政流程。後續仍將視需要進行全面挖掘及提出「文資活化及保存計畫」送文化局辦理文資活化計畫審議，並依審議結果辦理文資活化及保存工作。
鐵道局表示，桃園鐵路地下化係優先利用臺鐵既有路權，以降低用地徵收與地上物拆遷需求，且桃園車站與桃捷綠線共構施工界面複雜，加上受限軌道線型須符合一定標準，倘配合調整勢必造成桃園車站前後路段周遭大量拆遷，已無辦理變更設計空間。
