最近1個月內，遠航發生3次飛航異常事件，包含了引擎無法正常運作，交通部民航局對遠航發出警告，如果不能限期改善，部分或全部的航線，將做出停飛處分。
遠航分別在4月13日、16和25日發生異常事件，頻率太高，其中13日台北飛金門甚至疑似發生鳥擊意外，在空中關車；而4月25日，遠航班機的駕駛艙玻璃受損，出現一片裂痕，是在飛航過程中遭到冰雹撞擊。
民航局表示，雖然遠航的處理程序符合規定，但都是以最低標準考量，看不到積極改善的動作，因此訂下2個月到半年不等的改善期，如果沒能改善或期間內又發生嚴重飛安違規，可能就會做出停飛的行政處分。
