指揮中心裁撤問題引發關注，就有藍委稱如疫情降為第四級，指揮中心若不裁撤，會變成民進黨台北市長參選人陳時中的第二競選總部；指揮中心指揮官王必勝受訪時回應，裁撤前許多事需要收尾，且有些快篩、疫苗、藥品通過的緊急授權使用，都是和指揮中心掛在一起，如解散後就會喪失EUA、無法使用且必須銷毀，這些事情在解散前都需要一起考慮，目前除了提醒廠商儘速申請藥證外，也將朝請主管機關制定EUA明確的終止時間的方式進行。
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衛福部長薛瑞元今（1）日出席記者會時透露，指揮中心成立後，相關指引以及藥品、疫苗和快篩的緊急使用授權都是和指揮中心存在掛在一起，後面還有很多事情要做，裁撤一事茲事體大，需要好好考慮。
王必勝受訪時進一步解釋，根據《藥事法》48-2條，中央衛生主管機關得專案核准特定藥物製造或輸入，因應緊急公共衛生情事之需要，如「緊急公共衛生情事已終結」，中央衛生主管機關得廢止前項核准，並令申請者限期處理未使用之藥物，並得公告回收；也就是說，快篩、疫苗、藥品通過的緊急授權需和指揮中心同進退，如解散後就會喪失EUA、無法使用且需銷毀。
王必勝說，目前也正在持續處理此問題，食藥署都有提醒廠商可以申請藥證就快來，如未申請藥證，也陸續請主管機關制定EUA明確的終止時間，和指揮中心的解散時間脫鉤，才能讓藥品、快篩等產品在指揮中心裁撤後，也能繼續使用，目前也已經有部分廠商完成。
至於收尾工作要多久時間？王則回應，疫情還不容易預測，也要考慮變種病毒會不會又出現，且目前距離和流感化也有一段距離，工作也還沒有常態化，國內還有很多防疫措施都還沒解除，還需一段時間處理。
而對於國民黨立委賴士葆稱，如未來疫情降級，指揮中心不裁撤會成為陳時中第二競辦，王必勝也回應，這70幾天都是維持中立，不分黨派，是全民的指揮中心，跟指揮中心有關的事才會評論；但王必勝也說，最希望指揮中心趕快解除、裁撤的就是自己，如這天到來就代表生活回到正常，自己比誰都希望這件事。
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