衛福部長陳時中確定參選台北市長，現在外界都在揣測，到底誰會接任衛福部長以及指揮中心指揮官？據了解，現任衛福部政務次長薛瑞元和陳時中其實一直都是好友，不但共事，默契也良好，接任衛福部長沒意外應該就是第一順位，且據透露，薛瑞元接任衛福部長，也是陳時中和總統蔡英文提出的建議，而薛瑞元如果接任衛福部長後，現任疾管署署長周志浩有望升官成衛福部政務次長，莊人祥則有望「扶正」成疾管署署長。
知情人士透露，當時陳時中有跟總統蔡英文表示，如果要為黨爭戰，衛福部長人選希望有決定跟建議權，才能無後顧之憂的參選，因此在這個前提下，如果蔡英文有聽取陳時中的建議，則薛瑞元接任衛福部長應是「八九不離十」。
醫界不具名專家透露，薛瑞元在防疫過程中，可以說是擔任衛福部跟行政院之間很重要溝通橋樑，每次行政院防疫會議上，都看得到薛瑞元，屬於幕僚型，相比於石崇良、莊人祥等人大家比較沒聽過，不過因為他是婦產科醫生，加上也念過台大法律系，曾任雙和醫院副院長、屏東衛生局局長，因此是陳時中非常倚重的左右手。據透露，如果薛瑞元升任衛福部長，那麼政務次長的位子就會空出，接下來最有可能是現任疾管署署長周志浩接任，而現任疾管署副署長莊人祥，就有可能「扶正」接任疾管署署長。
不過，從先前外傳陳時中要選北市長開始，接任衛福部長和指揮中心指揮官的人選中，中華民國醫師公會全聯會理事長、立委邱泰源就一直非常積極地爭取。邱泰源的優勢是民進黨不分區，黨性正確，年底也負有輔選責任且他也非常積極爭取，不過據透露，邱泰源因為長久在基層，陳時中對他並不是那麼欣賞，因為衛福部是兼顧醫療機構跟診所，範疇相當大，加上各界認為邱泰源能力並不是那麼好，也成為他的缺點，不過因為邱的黨性正確，因此被提當候選人。
至於指揮中心的指揮官，專家透露，台灣疫情大約在八月底會走完第一波，接下來指揮中心可能降為二級開設、新冠法定傳染病可能會從第五類調降為第四類，改為重症才要通報，因此如果指揮中心將為二級開設，則一樣指揮官就還是會由衛福部長兼任。
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