指揮中心建議，12歲以上經醫師評估病情穩定之免疫不全，以及免疫力低下對象，應接種第3劑基礎加強劑，與一般民眾的第三劑不同，由於這些族群的保護力下降快，目前建議接種全劑量，且距離第二劑接種28天後，就能施打第3針基礎加強劑。接種疫苗廠牌則建議優先施打全劑量的莫德納、BNT或高端疫苗，但若之前曾有嚴重不良反應者，經醫師評估也可以接種AZ疫苗。
至於同樣接種第三劑莫德納疫苗，為何基礎加強劑是打全劑量，追加劑則僅施打半劑量？指揮中心則回應，追加劑是針對已完成基礎劑新冠疫苗接種之一般民眾，因疫苗保護力隨時間逐漸消退，故建議再接種一劑疫苗，以提升保護力；目前國外追蹤結果顯示，莫德納劑量可提升一定保護力，且副作用較小，故多數國家皆以半劑量莫德納作為追加劑。
而免疫不全及免疫力低下者若只接種兩劑基礎劑疫苗，無法產生足夠的免疫保護力，故建議再接種一劑基礎加強劑疫苗，依據研究資料，接種基礎加強劑後，多可產生足夠免疫保護力，接種全劑量可達到較佳的效果。
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