公投過程，出現不少插曲，新北市有民眾，綁著海報，說抗議公投議題沒有充分討論，卻變成政黨對決。還有南投縣長林明溱，投票時正面朝外反摺，亮出了圈選處。彰化，新竹，也分別傳出暈倒，撕毀選票狀況，沖入馬桶等狀況。
抗議民眾：「本身也帶一點公民不服從的意味，本來應該要嚴格審議的討論的議題，不該變成政黨對決。」
他大動作，刻意綁海報抗議，一樣在貢寮，還有一名50多歲的金姓婦人，把一張公投票帶出來。
南投縣長林明溱，一早前往投票，蓋好章之後，要投入票箱，選票朝外反摺，但是這樣把圈印也鋪了光，相當於亮票了。他投完票，也沒發現過程中的疏漏。
事後檢視這過程，發現疑似亮票舉動，幕僚代為解釋，說縣長的意向一直清楚明確，不需要亮票。
選委會看過影片之後，也很難斷言，是否違規亮票，說交給檢察官裁示。
南投縣政府行政暨新聞處長林琦瑜：「這是後面媒體記者告知的時候才知道，但是他的立場一向是非常明顯的。」
彰化的投開票所，還有民眾因為擔心蓋成廢票太激動，當場昏了過去由救護車送醫。
還有新竹寶山，這名50多歲婦人，提開時拿了剛剛寄放的手機，但是她投票過程不小心投錯，一時緊張，竟然將選票撕毀。
新竹市選舉委員會總幹事賴榮光：「涉及到刑責的問題會有處一年以下，或者是拘役1萬5千元的處罰。」
新竹市，還有一名50歲譚姓男子，投最後一張，屬於新竹地方公投票，「喝好水」一案時，不知道怎麼投，就帶出投票所。監票人員勸阻後就將選票撕毀給監票人員，也違反了公投法。
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