機組人員長期進出國門值勤，也是染疫的高風險族群，他們自4月12日開始接種疫苗，民航局表示，國際線的機組員有98.7%接種完兩劑疫苗，不過有94人因為沒有意願或是堅持混打，所以沒有打第二劑，此外還有22人則是一劑都沒有打。
不過仍有116名機組員因為個人因素沒有打完兩劑，其中94人不願意完整接種疫苗，原因包含沒有意願接種、健康因素、堅持混打或堅持接種特定疫苗，有22人尚未接種第一劑疫苗，他們仍可以值勤，但得依照檢疫規定。
民航局標準組長吳家珍說，排除上述不接種疫苗的狀況，華航已經於上個月30日完成所有機組員第二劑疫苗接種工作，長榮則預計本月8日完成。
針對高風險族群機組員是否有第三劑規劃？吳家珍表示，公司都有在反應第三劑的問題，尤其有個位數機組員打過兩劑抗體仍為陰性，不過依然配合指揮中心安排去督導航空公司。
他說，機組員很配合民航局的居檢規範，也持續做督導，不過是否調整長短，仍是要看指揮中心規劃。日前有組員抱怨外站外國人不愛戴口罩有防疫漏洞，吳家珍說9月10日有發函給國籍航空公司，他們必須去實地檢查，9月15日交出檢查計畫，要在10月15日提交報告，10月22日會請他們來開會討論。
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