莫拉克颱風為曾文水庫帶來破35年蓄水紀錄的雨量，不過，帶來的淤砂量，也比過去19年累積的還要多，這讓水庫蓄水量大減，加上久旱不雨，南部地區已經面臨缺水危機；雖然一期稻作決定休耕，讓出灌溉用水，但水資局說，民生用水最多也只能維持到明年5、6月。
一眼望去，曾文水庫的集水區堆滿了漂流木，整個水道幾乎完全被樹木給堵住了，而這漂流木，比車、比人都還要高，有4米那麼深，這全是莫拉克颱風帶來的慘狀，清了好幾個月，依然給水庫帶來了莫大的威脅。南區水資局副局長鄭修宗：「它會使得蓄容量降低。」
沒錯，山壁崩塌、漂流木擋道，讓南化水庫淤積了3600萬噸的泥砂，曾文水庫的污泥，更高達9100萬噸，比過去19年的淤積量還要高；很難想像，4個月前，汪洋一片的夢魘還沒完全消除，馬上就要面臨缺水危機。
鄭修宗：「雖然當時水庫是蓄滿水的，但是後來，連續3個月的汛期過去，每天下午出現午後雷陣雨，今年度都完全不見了。」
水庫淤積加上久旱不雨，曾文、烏山頭的蓄水量，比去年同期減少2億噸；南化水庫少了2500萬噸。鄭修宗：「最快的話，也要到清明才會有雨，這段日子會是南部用水的黑暗時期。」
儘管嘉南水利會決定一期稻作休耕，要讓出7000萬噸的灌溉用水，初步估計，民生用水最多還是只能維持到明年5、6月，由於天雨難測，水資局只能籲請民眾，節約用水。
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