國內疫情嚴峻，但疫苗短缺。海巡署基層隊員爆料，有署本部高官、部分科室內勤長官等人，搶先打第一波疫苗，卻沒有半支施打在第一線的海巡隊基層隊員身上，氣到他們直呼「到底誰才是接觸民眾、大陸漁民外籍船員的第一線人員？」對此，海巡署艦隊分署表示，並非刻意排除海巡隊，是因獲配疫苗無法滿足單位所需，已於6月15日再次函請衛生單位爭取第二批接種疫苗名冊。
有基層海巡隊員在臉書「靠北海巡隊」PO文抱怨，台中海巡隊在5月21號就彙整施打疫苗名單給中部分署，6月4日分署把名單交給台中市衛生局，14日衛生機關配發543劑疫苗，結果海巡署本部、各科室、巡防區長官紛紛插隊搶打，就是沒有給基層海巡隊員施打，氣得他們說：「到底誰才是第一線人員？誰才是真正接觸民眾、大陸漁民和外籍船員的人？！」、「海巡隊員守護台灣，誰來守護我們？！」
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基層海巡隊員抱怨，需要工作的時候，小小海巡隊被地區分署追著跑、被艦隊分署追著跑。而要打疫苗的時候，長官搶在前面，導致基層同仁都必須自己去外面醫療院所排公費疫苗，直呼「我們根本是海上孤兒，自己的疫苗自己找！」對此，海巡署艦隊分署解釋，為加速施打新冠疫苗，滿足第一線同仁防疫需求，艦隊分署指導各海巡隊主動接洽在地醫療院所，聯繫疫苗施打事宜，目前所屬各海巡隊同仁均已陸續施打。
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海巡署說明，會再向台中市衛生局增加施打疫苗名單人數為907名。由於衛生單位依照名冊順序在6月14日核定第一波接種名冊為543劑，無法滿足轄區單位所需，中部分署已於15日再次發文衛生局，爭取第二次施打疫苗名冊，當中會囊括台中海巡隊及中部機動海巡隊所有基層。而目前海巡署中部分署已緊急協調麥寮長庚醫院同意，會安排上述海巡隊所有基層同仁施打疫苗，施打期程從明（18）日到25日，預計施打264名海巡隊員。
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