台大土木系教授李鴻源，針對中南部超抽地下水的情況發出警訊，他表示在雲林這裡，因為抽地下水，每年地層下陷將近6.5公分，長期以來將造成深遠影響。加上這裡有高鐵經過，若沒有規劃得宜，會有高低落差，造成工安問題。對此高鐵回應，都有委託工研院定期監測，目前下陷都還在安全範圍，會全力維護行車安全。
台大土木系教授李鴻源點出高鐵隱憂，他表示中南部常常抽地下水，更點名雲林路段，是高風險區域若未來下陷情況嚴重，恐怕會危及到高鐵結構安全。
台大土木系教授李鴻源：「我們最嚴重的時候，一年超抽20億噸的水，造成我們十分之一西部平原，一千八百平方公里都陷入到海平面以下，高鐵經過的地方，彰化的溪州雲林的土庫，過去一年下陷八公分。」
台大土木系教授李鴻源：「我已經離開七年了，雲林也應該控制在三公分的範圍，結果我前兩個禮拜去拜訪張麗善張縣長，我就問他們水利處的處長，現在土庫一年下陷幾公分，他跟我講說現在土庫一年還下陷6.5公分，那我那時候就很納悶了，當初我訂的風險計畫有沒有確實在執行。」
攤開地圖來看過去彰化的大城鄉下陷嚴重，近年已有改善但在雲林這邊虎尾鎮土庫鎮高鐵行經路段，仍舊呈現紅色警戒，李鴻源指出，一般農民的淺層井，抽的量較少對地層下陷衝擊量小，若上千位農民在抽地下水的話就會有影響，且淺層井很難全面普查。
台大土木系教授李鴻源：「你沒有確實執行(計畫)，我只能講說現在，起碼在雲林累積下陷已經超過八十幾公分，這件事情就不是開玩笑了，因為高鐵出問題，他的狀況會比太魯閣，會比普悠瑪還要嚴重。」
面對學者質疑高鐵發書面聲明回應，地層下陷對高鐵最主要的影響，在於差異沉陷所造成的軌道坡度變化，目前數據顯示，彰雲路段雖有下陷情況，但都是大面積之均勻沉陷，高鐵橋墩間角變量與軌道平整度均在容許範圍內營運安全無虞。
更表示從2003年開始委託工研院定期辦理監測，會全力維護行車安全。
水利署副署長王藝峰：「要抽取地下水要依照水利法申請，以往有一些地下水超抽在西南沿海地區，那政府也都推動了我們，地層下陷防治方案來做管控。」
水利署也表示每年都會針對地層下陷，做嚴密的監控跟檢測，雖然近來中南部缺水，但開設的取水井都有避開下陷高風險區域，專家表示抽地下水必須得跟水利署申請，而且每一個區塊都不同，各有不同的標準跟規範，若抽取過量一年下陷程度超過3至4公分就很危險。
海大河海工程學系教授顧承宇：「雲林這個地區，他的地層下陷一年大概是6.5公分經濟部水利署這邊其實，很努力在推動各方面的計畫來研究如何減緩，這個高低差如果沒有做控制，未來就要用工程的手段去做逐年的調整，這個部分所影響到的，可能就是高鐵的日常使用方便性。」
抽地下水雖然是合理行為，但還是得「取之有道」，不過量照規定走，才能確保西南沿海交通安全。
雲林縣政府補充說明如下:
為減緩雲林縣地層下陷，雲林縣政府與中央政府合作推動各項防治計畫，依據中央委託專業團隊的109年度雲林地區地層下陷監測成果，本縣109年度最大下陷速率為5.5公分/年，顯著下陷面積為103.8平方公里，相較民國100年，本縣顯著下陷面為397.6平方公里，下陷面積縮減達293.8平方公里，可見本縣推動地層下陷防治成果斐然，對於斗六工業區、雲科工業區、中科虎尾園區及麥寮六輕等相關工業園區之發展並無負面影響，也不影響未來新設工業園區之籌建，請外界勿過度疑慮。
縣長張麗善表示，推動地層下陷防治，首要課題為如何充分調蓄地面水源及適時涵養地下水源，舊時雲林地區並無水庫等蓄水設施，地面水源無適當之調蓄空間，地面水源留存不易，為滿足產業用水需求多鑿設水井抽取地下水為己用，以致本縣地層下陷嚴重，本縣境內湖山水庫之興闢，可提供地面水源適當之調蓄空間，自民國105年4月啟用蓄水啟用後，配合水資源的妥善管理，年估可減少1億餘噸地下水抽用量，亦可於枯水期調配地面水源、豐水期時涵養地下水源，營造環境永續利用。湖山水庫的興建營運，對於地層下陷防治居功甚偉。
為了高鐵的行車安全，交通部針對高鐵彰雲嘉路段辦理地層下陷監測作業。依據台灣高鐵公司「109年度高鐵沿線地層下陷監測成果報告」，雲林地區計有3處下陷量分別為（1）跨越雲林158縣道下陷量為2.5公分（2）跨越省道台78線下陷量為3公分（3）雲林高鐵車站下陷量為3.9公分，仍在安全許可範圍內。
經查，為防治地層下陷對高鐵結構設施的影響，台灣高鐵公司自2003年起，委託工業技術研究院定期辦理沿線地層下陷監測作業，同時針對軌道平整度進行檢測。鐵道局則監督台灣高鐵監測高鐵橋墩下陷情形，適時調整軌道墊片、橋梁支承及必要結構補強，確保高鐵結構及營運安全。
有關近來外界對於高鐵安全問題非常關心，縣府特別說明讓大家可以清楚了解目前狀況，高鐵的營運，有專責單位持續監控確保其安全。而各項地層下陷防治工作也由中央及地方持續的推動改善。
另關於農作轉作部分，目前高鐵沿線種植水稻、蔬菜、玉米、落花生等作物。縣府及地方公所、農會亦配合行政院農業委員會農糧署執行「對地綠色環境給付計畫」，多年積極推動稻田轉作措施，以調整水稻產業結構, 並鼓勵農民種植落花生、食用玉米等國產雜量及蔬菜等作物, 由於推廣之作物大多均為旱作, 所需水量約為水稻1/4~1/3倍, 所以可同時達節省農業灌溉用水之目標。
除此之外, 縣府亦於103年起迄今, 陸續針對契作硬質玉米、契作非基改大(黑)豆、契作小麥、契作高粱及地方特色作物牛蒡等辦理新台幣1-2萬元不等之加碼補助措施, 以加強轉旱作推動力道, 並每年依據其作物之產銷情形, 進行滾動式檢討, 研議可同時兼顧農民收益及節水目標的轉契作項目(如契作高粱、牧草等), 未來不排斥於本縣高鐵沿線左右1.5公里範圍內推動專區試辦, 惟相關產業仍有產銷問題待解決, 且水資源短缺係屬全國重大議題, 所以希望中央政府能給予協助並持續提供轉旱作節水獎勵予農民, 以兼顧農民生計並提高配合政策之意願。此等轉作節水的政策都是為防範地層下陷而努力。
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