離島地區的醫療資源缺乏，一直都是問題，95年衛生署將署立澎湖醫院委託給軍方的三總分院經營，還花了6億多元興建新的醫療大樓，希望能夠讓澎湖當地的兩大醫院合作，提升醫療服務，想不到，經過3年多努力，雙方卻在行政跟財政上喬不攏，仍宣告破局。
病床推不進電梯，這是澎湖醫療大樓剛落成時爆出的烏龍案，想不到醫院營運3年多，現在還有更大的問題要處理。
當初政府花了6億興建新大樓，要促成澎湖三總跟署立澎湖醫院合作，將署澎委託三總經營，希望提升當地的醫療水準。
新大樓興建完成後，署澎的急重症病房跟開刀房也搬了過去，而舊院區只提供門診服務，專攻慢性病，也有急診，病房卻全部閒置。民眾：「三軍澎湖醫院跟署立澎湖醫院，要分開了，但是澎湖醫院很多科的門診太少，一般我們民眾要看病，會造成我們很大困擾。」
只是沒想到，三總屬於軍方醫療體系，有軍人不能兼行政職的規定，加上兩邊醫院醫生分屬國軍跟衛生署，薪資方面也無法取得平衡，問題遲遲無解決，去年遭到監察院糾正。
衛生署最後只好決定，今年6月30日以後，署立醫院跟三總結束委託關係，雙方分家。澎湖縣議員：「兩院合併的政策推得很草率，因為兩院合併，不管對澎湖醫療的獨占，或是署澎員工的權益，權益保障都有影響。」
據了解，署澎目前還在評估，要繼續進行先前曾規劃的擴建工程，也尋求與高雄醫學大學合作，但眼看6月30日的期限將至，澎湖民眾只希望，衛生署能正視澎湖醫院的問題，負起經營責任。
